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Kiss×Sis la historia comienza con Keita Suminoe, un joven estudiante de tercer año de secundaria preparándose para los exámenes de admisión para entrar a la preparatoria. Él vive con sus dos hermanastras gemelas mayores, Ako y Riko, lo acosan de distintas maneras posibles, hasta llegar al punto de mostrar su amor por él en público, a pesar de no compartir lazos sanguíneos con él, el las ve como hermanas, le ayudan a prepararse para los exámenes de admisión. Al principio a él le molesta el acoso proporcionado por parte de ellas, pero poco a poco se va acostumbrando y se va sintiendo atraído por ellas, sus padres lo animan para que escoja a alguna de las dos para que sea su pareja llegando a casarse con alguna de ellas.